En este museo se puede visitar el arte sacro de la Iglesia de los Juanes. Esta iglesia ue erigida en el año 1535 como una rectoría de moriscos. En su interior se encuentra El nuevo templo con restos de policromía.
Los elementos originales del interior de la iglesia mantiene en excepcional buen estado casi todos los elementos originales como el "retablo de la Sangre" de 1538, que representa a los sacramentos naciendo del costado de Cristo o el monumental retablo mayor barroco de talla dorada y uno de los pocos de estas características, así como también, imágenes como el San José atribuido a José Esteve.
En el año 2000 se finalizó la restauración de la fachada, del interior y del retablo mayor de este templo.